Διευθυντής της Ιατρικής Υπηρεσίας του Γενικού Νοσοκομείου Κομοτηνής "Σισμανόγλειο" είναι ο κ. Ανδρεάδου Μαριάνα, Συντονίστρια Διευθύντρια Νοσοκομειακής Υπηρεσίας Αιμοδοσίας Κομοτηνής. Το Γενικό Σύνολο των ανεπτυγμένων κλινών του Νοσοκομείου είναι 200 κλίνες.
Η Ιατρική Υπηρεσία, χωρίζεται στους ακόλουθους Τομείς και Τμήματα:
| ΠΑΘΟΛΟΓΙΚΟΣ ΤΟΜΕΑΣ | ΧΕΙΡΟΥΡΓΙΚΟΣ ΤΟΜΕΑΣ | ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΟΣ ΤΟΜΕΑΣ | ΔΙΑΤΟΜΕΑΚΑ & ΑΥΤΟΤΕΛΗ ΤΜΗΜΑΤΑ |
|---|---|---|---|
| ΠΑΘΟΛΟΓΙΚΟ ΤΜΗΜΑ | ΧΕΙΡΟΥΡΓΙΚΟ ΤΜΗΜΑ | ΑΙΜΑΤΟΛΟΓΙΚΟ | ΤΜΗΜΑ ΕΠΕΙΓΟΝΤΩΝ ΠΕΡΙΣΤΑΤΙΚΩΝ |
| ΜΟΝΑΔΑ ΤΕΧΝΗΤΟΥ ΝΕΦΡΟΥ | ΟΡΘΟΠΕΔΙΚΟ ΤΜΗΜΑ | ΒΙΟΧΗΜΙΚΟ | ΤΑΚΤΙΚΑ ΕΞΩΤΕΡΙΚΑ ΙΑΤΡΕΙΑ |
| ΠΑΙΔΙΑΤΡΙΚΟ ΤΜΗΜΑ | ΟΥΡΟΛΟΓΙΚΟ ΤΜΗΜΑ | ΑΙΜΟΔΟΣΙΑΣ | ΗΜΕΡΗΣΙΑΣ ΝΟΣΗΛΕΙΑΣ |
| ΚΑΡΔΙΟΛΟΓΙΚΟ ΤΜΗΜΑ | ΟΦΘΑΛΜΟΛΟΓΙΚΟ ΤΜΗΜΑ | ΦΑΡΜΑΚΕΙΟ | |
| Ω.Ρ.Λ. ΤΜΗΜΑ | ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΚΟ | ||
| ΑΝΑΙΣΘΗΣΙΟΛΟΓΙΚΟ ΤΜΗΜΑ | ΑΚΤΙΝΟΔΙΑΓΝΩΣΤΙΚΟ | ||
| ΓΥΝΑΙΚΟΛΟΓΙΚΟ/ΜΑΙΕΥΤΙΚΟ ΤΜΗΜΑ | |||
| ΜΟΝΑΔΑ ΕΝΤΑΤΙΚΗΣ ΘΕΡΑΠΕΙΑΣ |